Технику, ставшую впоследствии техникой Кото-рю коппо-дзюцу, реорганизовал в систему Сакагами Таро Кунисигэ в 1542 г. Человек, который стал вторым Великим Мастером школы, Бандо Котаро Минамо-то Масасигэ, был убит в сражении спустя несколько лет.

История Кото-рю говорит о том, что техника школы передавалась от Бусё далее несколькими поколениями, прежде чем попала в руки Сакагами Таро Кунисигэ где-то в середине XVI века. Он считается официальным «отцом-основателем» школы (школа была окончательно оформлена при Тода Сакио Исинсай, четвёртом соке школы).

Когда школа попала к Соугёкко Кан Рисудзи, её передача стала вестись параллельно с Гёкко-рю коси-дзюцу, так как Соугёкко был также соке Гёкко-рю.

От него система попала к известному лидеру ниндзя Момопш Сан-даю, который стал сокеKomo-рю и Гёкко-рю. Рю оставалась в семье Мо-моти несколько поколений, после чего перешла к семье Тода. Тода Сэй-рю Нобуцуна был первым Великим Мастером Кото-рю из семьи Тода. Он возглавлял школу с 1624 по 1644 годы.

По общераспространенному мнению, ниндзя использовали в своем рукопашном бою несколько десятков смертельных точек «внешнего характера» (сикэцу или саккацу), позволявших мгновенно убить или отключить противника. Наиболее популярными были места, воздействие на которые не вызывало видимых повреждений, но было летальным. Вот краткий список таких точек:
(Название,    Местоположение,    Последствия поражения)

  • Я мэн: (Задняя сторона шеи):   Перелом шейных позвонков, повреждение спинного мозга и позвоночной артерии — смерть
  • Ванку (За ухом):    Кровоизлияние в мозг — смерть
  • Касуми ( Висок ):  Разрыв средней мозговой артерии — смерть
  • Рэн сэн (Гортань):   Рефлекторная остановка сердца, перелом щитовидного хряща, повреждение каротидной артерии с кровотечением — смерть
  • Хитю (Межключичная ямка):    Травма дыхательного горла и трахеи, потеря сознания и смерть от удушья
  • Сян тюн (Подложечная ямка):    Рефлекторная остановка сердца, повреждение внутренних органов — смерть
  • Усиродэнко (Слева и справа от поясницы на уровне 11 грудного позвонка):    Тяжелая травма почек, разрушение нервов и сосудов, нарушение дыхания, обездвиживание, потеря сознания, смерть

Кроме саккацу, ниндзя использовали также искусство отсроченной смерти (саннэн-гороси или дзюнэн-гороси), весьма близкое к китайским техникам дьян май или ло сю. Эта система значительно отличается от простого силового воздействия на уязвимые точки.